Основними завданнями служби є:
- розроблення заходів та координація виконання робіт щодо попередження запобігання та мінімізації наслідків надзвичайних ситуацій, пов’язаних зі шкідливою дією вод, а також для забезпечення безаварійного пропуску повеневих (паводкових) вод та льодоходу.
- організація та взаємодія з органами управління та силами цивільного захисту функціональної і територіальної підсистеми, її районними ланками, які залучаються до ліквідації наслідків надзвичайних ситуацій.
- контроль утримання та стан готовності підвідомчих захисних споруд цивільного захисту.
